一般來說，如果有後遺症及副作用，都是相當輕微，例如矯正度數有誤差（可以再次補救）短暫時間有眩光、霧視等，通常在三個月左右會改善，目前的技術大大減低此項副作用。 另外有可能產生角膜混濁（僅限 PRK ），要持續點用藥物治療才能消退。 此外，細菌感染的機會約在五千分之一，通常也可以抗生素來治療。產生角膜潰瘍的機率甚至低於配戴隱形眼鏡。
